Главной стадией процесса являлась третья стадия — специальное расследование.
Главной стадией процесса являлась третья стадия — специальное расследование. Поскольку законодательство стояло на позициях теории формальных доказательств, Каролина содержала полный, исчерпывающий перечень «доброкачественных доказательств, улик и подозрений» практически по каждому виду преступлений.
Показания одного свидетеля считались полудоказательствами, и лишь совпадение показаний двух свидетелей расценивалось как полноценное доказательство. Если не было прямых доказательств, прибегали к косвенным (в качестве таковых могли выступать дурная репутация подозреваемого, обнаружение его на месте преступления, его внешние признаки и др.). Свидетельства, опровергающие обвинение или смягчающие вину, в расчет не принимались. При этом важно подчеркнуть, что даже вся совокупность доказательств, улик и подозрений не являлась основанием для окончательного осуждения: непременным условием было признание обвиняемым своей вины. Самым же эффективным средством достижения этой конечной цели являлся допрос под пыткой.Каролина устанавливала ряд условий для применения пытки: необходимы были либо обвиняющие показания двух «добрых» свидетелей, либо механическая сумма нескольких «подозрений». В свою очередь, само признание под пыткой считалось действительным также при соблюдении некоторых условий: оно должно быть сделано не непосредственно в момент пытки, а после окончания пытки, и повторено не раньше чем через сутки вне камеры пыток. Пытки не должны были применяться в отношении больных людей, инвалидов, стариков, малолетних, а также представителей высших сословий, если их преступные деяния не представляли особую общественную опасность. Нарушение судьей правил применения пытки включалось в перечень преступлений против правосудия. Однако судьи имели реальные возможности обходить эти ограничения, так что «неправомерность» применения пытки судьей была практически недоказуема. Существенным было и то, что Каролина не подвергала судью взысканию за применение пытки, если обвинение не подтверждалось.
Пытка должна была проводиться в присутствии судьи, двух судебных заседателей и судебного писца.
Сами конкретные виды пыток в Каролине не устанавливались. Из судебной практики Германии XVI и последующих веков известно, что существовали несколько десятков видов пытки.Стадия специального расследования завершалась вынесением приговора. Поскольку все главные задачи были решены уже на предварительном расследовании, судоразбирательство имело чисто формальный характер. Накануне дня судебного заседания («судного дня») судьи и судебные заседатели еще раз просматривали протоколы следствия и составляли приговор. Судебное заседание фактически сводилось к оглашению приговора, сопровождаемому устрашающими символическими актами (звон набатного колокола, переламывание судейского жезла и т. п.). Приговоры делились на обвинительные, оправдательные и с оставлением в подозрении.
Главная цель, которую преследовал законодатель при создании Каролины, заключалась в унификации германского уголовного и уголовно-процессуального права, в установлении верховенства имперского права над правом отдельных земель. В какой-то степени эта цель была достигнута: Каролина была признана в качестве источника права на всей территории Священной Римской империи, так что именно на ее основе была сформирована вся система общегерманского уголовного права XVI—XVIII вв. Однако значение Каролины как универсального кодекса значительно снижалось оговоркой о том, что в империи могли сохраняться «исконные, унаследованные, правомерные и справедливые обычаи» курфюрстов, князей и сословий.