В истории взаимоотношений религии и науки обычно вычленяют три периода
Первый период — это эпоха античности, для которой характерна тесная связь религиозно-мифологических, философских и научных идей. Религиозно-мифологические представления, философские и научные идеи и воззрения вступают в разнообразные отношения, но всегда образуют определенное мировоззренческое и теоретическое единство.
Тем не менее, в нем можно зафиксировать процесс постепенного вычленения позитивного научного знания при сохранении зависимости этого знания от религиозно-мифологических и философских компонентов, например, математики, астрономии.Исторически традицию математической астрономии следует отличать от космологических учений. Основу математической астрономии составляют математические и геометрические представления, в соответствии с которыми, как утверждается, строится космос. Задача ее в античности определялась как задача математически точного воспроизведения видимого движения светил. Основу же космологических учений образовывали религиозно-метафизические представления.
Космологические теории также использовали определенные геометрические образы и представления, прежде всего концепцию сфер, однако их космос не является математически точным воспроизведением наблюдаемых явлений — да и не в этом их задача. Здесь космос является, так сказать, бытийным, а различные сферы не сферами планет, а сферами бытия. Примером таких концепций может служить космос Анаксимена, различные гностические, неоплатонические и основывающиеся на последних христианские концепции космоса средневековых авторов.
Второй период это период существования и развития научных знаний в условиях господства христианского мировоззрения. Он начинается в момент встречи поздней античной науки и христианства. Строго говоря, христианство встречается с античной наукой дважды. Первый раз на этапе его утверждения во II—IV вв.
В результате этой встречи происходит христианизация унаследованного от античности научного знания, т.
е. включение его в христианско-идеологический комплекс после определенной мировоззренческой обработки. При этом античная наука включается в христианскую культуру в форме компилятивно-энциклопедической традиции, а в натурфилософском плане она предстает перед христианством в виде неоплатонической философии природы. В этот период оформляется христианская система образования.B XII—XIII веках происходит вторая встреча западного христианского мира с античной философией и наукой, с классическими образцами этого наследия. Особое значение для оформления христианской метафизики и натурфилософии эпохи зрелой схоластики имело ознакомление с полным корпусом аристотелизма. Античное наследие воспринималось на фоне арабо-язычной философской и научной литературы (которая зачастю принимала тексты неоплатоников за Аристотеля), которая также оказала большое воздействие на христианское знание.
В сложившемся относительно едином идейном комплексе религиозная идеология выполняла функции не только мировоззренческого обрамления науки, но нередко и ее основоположений, ее аксиоматики. Научное познание не обладало признанной мировоззренческой и институциональной автономией по отношению к религиозной идеологии. Хотя думать, что наука была полностью и без остатка подчинена этой идеологии, тоже было бы неверно. Она все-таки обладала относительной свободой и самостоятельностью. Именно поэтому схоласты каждый раз ставили перед собой задачу достичь синтеза теологии и научного знания. Это их стремление к синтезу свидетельствует об ошибочности мнения, будто вся средневековая теология была однозначно враждебна науке. В действительности отношение средневековой теологии к научному знанию было довольно разнообразным.
Третий период связан с рождением науки Нового времени, провозвестником которой явился Н. Коперник, впервые в истории естествознания провозгласивший, что научные теории независимы от мнения теологов. «Математика пишется для математиков» и только они вправе выносить решения относительно науки. С этого времени начинается процесс освобождения науки от теологии.
Астрономической теорией Николая Коперника открывается новая эпоха в отношениях между наукой и религией. Распадается относительно единая система христианского знания, и наука впервые обретает действительную автономию. Процесс освобождения науки от религиозной идеологии приобретает необратимый характер, рождается наука Нового времени